L’assetto istituzionale della Fondazione è composto da cinque organi: il Consiglio di Amministrazione, cui competono tutti i poteri di ordinaria e straordinaria amministrazione, il Collegio dei Revisori deputato a verificare la regolarità della contabilità, l’Organo di Vigilanza che si occupa di vigilare sull’osservanza del Modello Organizzativo della Fondazione, curandone l’applicazione e l’aggiornamento; il Comitato direttivo che garantisce la gestione ordinaria della Fondazione e il Comitato scientifico che prevede rappresentanze delle seguenti aree tematiche: povertà, migrazione, sanità e salute, ambiente e innovazione, inclusione sociale e lavorativa.